1）主持国家社科基金《国有企业内部控制与风险预警机制研究》（10XJY006），2017年结项；

2）主持完成云南省哲学社会科学基地重点项目《云南混合所有制公司治理研究》（JD2018ZD001），2022年结项；

3）主持完成云南省科技厅项目《云南省突发重特大自然灾害救灾款物审计应急管理研究》（2009GB028），2011年结项；

4）主持完成财政部重点会计研究项目《混合所有制下企业内部控制与风险管理应用研究》（2015KJB030），2017年结项；

5）参与国家自科基金项目《审计师—客户匹配度与审计质量：基于证券服务业务行 政许可制度改革的研究》（72162035），在研；

6）主持完成云南省哲学社会科学研究团队项目《国有企业法人治理结构创新研究》（2016021），2019年结项。

1）朱锦余、李玥萤.国家审计对碳排放具有治理作用吗[J].当代财经，2022（09）：136-148.

2）朱锦余、李玥萤、龙娟.国家审计影响区域创新能力吗?——基于地方政府创新偏好的实证研究[J].南京审计大学学报，2022（03）：10-19.

3）朱锦余、李玥萤、陈红、余秋宏、黄晓颖、刘鲲鹏、陈静.《审计署关于内部审计工作的规定》实施效果：基于调查问卷的分析[J].中国内部审计，2020（11）：4-9。（人大复印报刊资料《审计文摘》2021年第1期全文转载）

4）胡国强、傅绍正、朱锦余.低层次公允价值计量导致更高审计收费吗—来自中国上市银行的证据[J].会计研究，2020（05）：17-28.

5）朱锦余、高善生.舞弊性财务报告及其防范与监管——基于中国证券监督管理委员会处罚公告的分析[J].会计研究，2007（11）：17-23+95。[人大复印报刊资料《财务与会计导刊》2008年第3期（下半月）全文转载]

6）朱锦余、徐融、彭家生.关于使用者对审计报告评价的问卷调查[J].会计研究，2003（03）：28-36+65.

7）朱锦余、彭家生、徐融.法律诉讼与注册会计师执业报告演进：规避责任论[J].审计研究，2003（03）：45-49.

8）张龙平、朱锦余.关于注册会计师对内部控制评价的理论思考[J].审计研究，2002（02）：23-26.

1）专著《国有企业内部控制与风险预警机制研究》，社会科学文献出版社，2018

2）与于定明合著《注册会计师法律制度研究》，法律出版社，2009

3）专著《企业会计信用评价与管理》，经济科学出版社，2007

4）专著《注册会计师执业报告研究》，高等教育出版社，2005

5）主编教材《审计学（第四版）》，高等教育出版社，2019

6）主编教材《审计（第六版）》，东北财经大学出版社，2020

7）主编教材《审计案例分析与实训》，高等教育出版社，2021

8）主译《公司舞弊手册：检查与防范（第二版）》，东北财经大学出版社，2010